정부가 내달 초 세제 개편안을 발표할 예정인 가운데, 과세표준이 20억원을 넘는 초고가 1주택 보유자에게 적용된 종합부동산세(종부세) 세액공제 규모가 4년 만에 최대치를 기록한 것으로 나타났다.

28일 국세청 국세통계에 따르면 2025년 귀속 개인 주택분 종부세 중 과세표준 20억원 초과 구간에 적용된 세액공제 총액은 461억원으로, 이는 2024년(182억원)보다 279억원(153.2%↑) 늘어난 수준이다.

해당 구간의 세액공제액은 2021년 681억원을 기록한 이후 감소세를 보였다. 그러다 지난해 다시 급증하며 4년 만에 최대 수준으로 올라섰다.

종부세 세액공제 대상은 1세대 1주택자다. 실제 거주 여부와 상관없이 보유 기간과 연령 요건만 충족하면 된다. 기본공제 12억원에 더해 보유 기간에 따라 최대 50%, 고령 여부에 따라 최대 40%까지 공제받을 수 있다. 두 항목 합산 최대 세액공제율은 최대 80%다.

이에 비해 2주택 이상 다주택자는 기본공제가 9억원에 그치고 세액공제 혜택도 받을 수 없다. 이에 따라 고가 주택 한 채를 장기간 보유한 자산가와 여러 주택을 나눠 보유한 납세자 사이의 세 부담 격차가 커질 수 밖에 없다.

실제 작년 과표 20억원 초과 보유자의 1인당 평균 결정세액(개인·법인 합산)은 5570만원으로 전년보다 1681만원(23.2%) 감소했다. 그러나 과표 20억원 이하 보유자의 평균 결정세액은 159만원으로 전년과 비슷한 수준을 유지했다.

과표 20억원은 시가 20억원짜리 주택을 의미하지 않는다. 1세대 1주택자의 경우 공시가격에서 기본공제 12억원을 뺀 뒤 공정시장가액비율 60%를 적용해 과세표준을 산출한다. 이를 역산하면 과표 20억원은 공시가격 약 45억원 수준으로 시세 기준으로는 아파트 약 65억원대, 단독주택은 약 80억원대 초고가 주택에 해당한다.

공제 혜택 극소수 초고가 주택 보유자 집중

공제 혜택이 극소수 초고가 주택 보유자에게 집중됐다는 점은 문제로 꼽힌다.

지난해 전체 주택분 종부세 대상자는 53만8439명이었고 이중 과표 20억원 초과 대상자는 8399명으로 전체의 1.6%에 불과했다.

하지만 이들이 받은 세액공제액은 전체 주택분 종부세 세액공제액 2071억원 가운데 22.2%를 차지했다. 전년 13.1%에서 1년 만에 9.1%포인트 상승했다. 지역별로는 전체 공제액의 87.9%가 서울 소재 주택에 집중돼 강남권 등 한강변 초고가 아파트 보유자들이 주요 수혜층으로 분석된다.

주택 수에 따른 세 부담 격차도 통계로 확인됐다.

지난해 과표 30억원 초과 50억원 이하 구간에서 3주택 이상 보유자의 1인당 종부세 결정세액은 1주택자보다 4194만원 많았다. 과표가 높아질수록 격차는 더욱 확대돼 과표 50억원 초과 80억원 이하 구간에서는 9900만원, 94억원 초과 구간에서는 4억837만원까지 커졌다.

이로 인해 동일한 자산 가치를 보유하더라도 주택을 분산 보유한 납세자가 한 채에 집중한 납세자보다 수억 원의 세금을 더 부담하는 ‘역차별’ 논란과 함께 ‘똘똘한 한 채’ 쏠림이 커지고 있다.

정부는 현행 종부세 체계가 주택 보유 형태에 따라 세 부담 격차를 키우고 부동산 시장의 자금 쏠림을 유발할 수 있다고 보고 과세 체계 개편을 검토하고 있다.

개편 방향은 주택 보유 개수보다 전체 보유 가액 중심으로 전환하고 초고가 1주택에 대한 장기보유 공제를 축소하거나 실거주 요건을 강화하는 방안 등이 거론된다.

정부는 다음 달 초 세제 개편안을 발표할 예정이다.