실거래가 12억원을 넘는 고가주택의 장기보유특별공제액(지난해 결정 기준) 90% 이상이 서울에 집중된 것으로 나타났다.

양도차익이 클수록 혜택이 커지는 장특공제의 구조 탓에 주택 시장을 왜곡한다는 비판이 제기된다.

30일 국세청 국세통계포털에 따르면 지난해 양도소득세 결정(경정) 기준 장기보유특별공제액은 전국에서 8638억원으로, 이는 전년보다 2367억원 늘어난 수준이다.

이는 양도 당시 실거래가액이 12억원을 초과하는 고가주택을 대상으로 집계한 금액이다. 이 중 서울 소재 고가주택에 적용된 장특공제액은 7823억원이다. 전체 고가주택 장특공제액의 90.6%가 서울에 집중됐다.

서울에 이어 경기(539억원)가 뒤를 이었고, 부산(182억원), 대구(34억원) 순이었다. 서울의 양도 건수(2709건)를 감안할 때 거래당 장특공제액은 2억8900만원 수준이다. 인천(6100만원), 경기(8500만원) 등과 비교해도 3배 이상이다.

장특공제는 오래 보유한 부동산의 양도소득세 부담을 줄여주는 제도다. 실거래가 12억원 초과 1세대 1주택자를 대상으로 보유 기간과 거주 기간에 따라 각각 최대 40%씩, 합산 최대 80%를 공제한다.

일례로 10년 이상 보유·거주한 1주택을 팔면 보유기간 공제율 40%와 거주기간 공제율 40%를 함께 적용받아 양도차익의 최대 80%를 공제받는다.

특히 장특공제액은 주택 가격대별로 초고가 구간에 집중됐다. 양도가액이 30억원을 초과하는 장특공제액은 3827억원으로 집계됐다. 이는 전체 고가주택 장특공제액의 44.3%에 달한다.

양도가액 50억원 초과 구간 장특공제액이 1605억원, 30억원 초과 50억원 이하 구간은 2222억원이었다. 20억∼30억원 구간이 2132억원, 10억∼20억원 구간은 2194억원으로 각각 조사됐다.

양도차익이 많을수록 혜택이 커지는 장특공제 구조에 대한 비판도 거세다. 앞서 이재명 대통령은 지난 4월 엑스(X)에 올린 글에서 “살지도 않을 집에 오래 투기했다고 세금 깎아주는 비정상을 정상화하는 게 세금폭탄이냐”며 “1주택자의 주거를 제대로 보호하려면, 비거주 보유 기간에 대한 감면을 축소하고 그만큼 거주 보유기간에 대한 감면을 늘리는 게 맞다”고 적었다.

이에 정부는 이 중 단순 보유에 따른 공제는 축소 또는 폐지하는 대신 실제 거주 기간 혜택 비중을 늘려 실거주 여부에 따른 과세 차등을 대폭 강화하는 방안을 검토 중이다.